La Secretaría General de Crue Universidades Españolas, dirigida por la secretaria general, canaliza y sostiene la actividad ordinaria de la organización y da soporte a la Asamblea General, al Comité Permanente y a la Presidencia.
Asimismo, se encarga de gestionar la actividad y proyectos de las comisiones sectoriales y otras estructuras de apoyo a la organización.
Desde la Secretaría General, se dirigen y coordinan diferentes tipos de actos y eventos y se presta servicio a las universidades miembros de la institución, con el fin de promover y defender los intereses de las universidades españolas.
